Для удаления директорий со старыми бэкапами может потребоваться изобретение велосипедного скрипта, который отыщет все подкаталоги по выбранному пути, созданные ранее указанной даты, и удалит их.

Например, это можно сделать так:

#!/bin/bash

for directory in $(find /srv/backup/sql/ -mindepth 1 -maxdepth 1 -ctime +15 -type d);
do
        echo $directory
        rm -fr $directory
done

Так будут удалены те из директорий, находящихся по адресу /srv/backup/sql/, которые были изменены более 15 дней назад. Кстати, для создания полных бэкапов MySQL можно использовать утилиту под названием mydumper.